1. Asamblea General de Comunas Socias: Es la autoridad máxima para toma de decisiones, acuerdos y resoluciones.
2. Congreso de Representantes: facultad para elegir dirigentes, analizar informes.
3. Cabildo Central: órgano representativo y ejecutivo de la Unión.
4. Comite Ejecutivo: Administra, gestiona, monitorea y evalúa las acciones.
5. Comisiones Especiales: Ejecuta los planes, programas de la Unión.

¨ 41 comunas indígenas y mestizas de la zona andina del cantón Cotacachi.
¨ 32 Juntas comunales de Agua potable.
¨ 14 Comites comunales de Mujeres
¨ 19 Juntas forestales comunitarias
¨ 11 Comites comunales de comunicación
¨ 70 Clubs deportivas de jóvenes (varones y mujeres) y niños
¨ 3 Grupos artísticos de música y danza